文章摘要
秦光明,邵一鸣,刘刚,苏玲,张灵麟,管永军,郑国英,陈钧,马义才,赵全壁,Josef Kostler,Hans Wolf.四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析[J].中华流行病学杂志,1998,(1):39-42
四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析
Subtype and Sequence Analysis of the C2- V3 Region of gp120 Genes among HIV-1 Strains in Sichuan Province
  
DOI:
中文关键词: 人免疫缺陷病毒I 型;亚型;基因变异
英文关键词: HIV- 1; Subtype; Gene variation
基金项目:
作者单位
秦光明 四川省卫生防疫站, 成都 610031 
邵一鸣 中国预防医学科学院艾滋病参比实验室 
刘刚 四川省卫生防疫站, 成都 610031 
苏玲 中国预防医学科学院艾滋病参比实验室 
张灵麟 四川省卫生防疫站, 成都 610031 
管永军 中国预防医学科学院艾滋病参比实验室 
郑国英 四川省卫生防疫站, 成都 610031 
陈钧 中国预防医学科学院艾滋病参比实验室 
马义才 四川省卫生防疫站, 成都 610031 
赵全壁 中国预防医学科学院艾滋病参比实验室 
Josef Kostler 德国累根斯堡大学医学微生物学研究所 
Hans Wolf 德国累根斯堡大学医学微生物学研究所 
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中文摘要:
      使用PCR 对9 份采集于1996 年中旬的四川省经血液途径感染的HIV- 1 阳性感染者外周血单个核细胞( PBMCs) 样品进行扩增, 获得H IV- 1 膜蛋白( env) 基因的核酸片段, 并对其C2- V3 及邻区350~ 450 个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明, 9 份样品中存在B 和C 两种亚型的H IV- 1 毒株序列, 其中B 亚型5 份, 彼此间的基因离散率为1. 4%; C 亚型4 份, 在不包括sc3 号样品的情况下彼此间的基因离散率为2. 6%, 而sc3 号样品与其它3 份样品在核苷酸序列上的差异却达11. 5%。与A~ E 参考亚型及部分B 和C 亚型代表株序列相比较, 属四川B 亚型的5个毒株与包括泰国、缅甸及中国云南德宏在内的B 亚型毒株序列十分接近, 基因离散率在3. 6%~4. 3%的范围内; 属四川C 亚型的4 个毒株除sc3 外则与代表印度毒株的C 亚型共享序列及德宏C亚型毒株序列十分相似, 其基因离散率均为3. 1%, 与非洲C 亚型毒株nof 的基因离散率为13. 1%, 而sc3 号序列与印度、中国德宏和非洲C 亚型HIV- 1 的基因离散率却在10. 1%~ 17. 2%的范围内。提示, HIV- 1 在四川的流行时间不长, 且其B 和除sc3 之外的C 亚型毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型H IV- 1 毒株密切相关, 而由sc3 所代表的C 亚型毒株则存在目前还尚不了解的其它传入来源。
英文摘要:
      Nine DNA fragments of HIV- 1 envgene were amplified by PCR from uncultured peripheral blood mononuclear cells ( PBMCs) obtained from HIV- 1 sero- positive intravenous drugusers ( IDUs) in Sichuan province, in mid 1996. Their C2-V3 region ( about 450 bp) was sequenced. Sequence analysis showed that there were two HIV- 1 subtypes B and C, with 1. 4% and 2. 6% gene divergence inside each subtype, in Sichuan. The 5 subtype B strains, when comparing with sequences of several reference HIV - 1 strains, were found similar to those identified in Thailand, Myanma and Yunnan province. The nucleotide sequence divergence between them was ranged from 3. 6% to 4. 3%. Mean while, the 4 subtype C strains except sc3, were most close to those found in I ndia as well as in Yunnan province, and both their nucleotide sequence diverg ence was 3. 1%. The sc3 strain belonged to subtype C but had larger genetic distance, between 10. 1%- 17. 2%. Above results suggested a recent epidemic of both subtype HIV- 1 strains in Sichuan provine and they were very close to those identified in Yunnan province. The subtype C strain of sc3 is special and its source remains notclear.
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