文章摘要
王东艳,宋洋,韩振志,肖金波,路环环,严冬梅,冀天娇,杨倩,祝双利,许文波,张勇.手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析[J].中华流行病学杂志,2021,42(8):1487-1492
手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析
Genetic characterization analysis of the whole genome sequence of Coxsackievirus A8 associated with hand, foot and mouth disease in China
收稿日期:2020-10-23  出版日期:2021-08-19
DOI:10.3760/cma.j.cn112338-20201023-01266
中文关键词: 手足口病;柯萨奇病毒A组8型;分子进化;重组
英文关键词: Hand, foot and mouth disease;Coxsackievirus A8;Molecular evolution;Recombination
基金项目:国家科技重大专项(2017ZX10104001-006-001)
作者单位E-mail
王东艳 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
宋洋 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
韩振志 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
肖金波 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
路环环 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
严冬梅 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
冀天娇 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
杨倩 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
祝双利 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
许文波 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206  
张勇 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家脊髓灰质炎实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室/国家卫生健康委生物安全重点实验室/国家卫生健康委医学病毒与病毒病重点实验室, 北京 102206 yongzhang75@sina.com 
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中文摘要:
      目的 研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法 对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果 序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论 本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。
英文摘要:
      Objective To study the genomic sequence of Coxsackievirus A8 (CV-A8) associated with hand, foot and mouth disease (HFMD) from 2013 to 2018 in China and to analyze the genetic evolution of each coding region of the full-length genome. Methods The genome sequences of 11 CV-A8 strains isolated from patients with HFMD in different regions of China from 2013 to 2018 were determined. Sequence alignment and genetic evolution analysis were performed by Sequencher 5.0 and MEGA 7.0 software, etc. Results Sequence alignment showed that the genome length of 11 CV-A8 strains ranged from 7 393 bp to 7 400 bp. There was no base insertion or deletion in the coding region compared with the prototype strain, but there were individual base insertion or deletion in the non-coding region. The nucleotide and amino acid similarities in the VP1 region of 11 CV-A8 strains were 78.3%-98.6% and 92.6%-99.7%, respectively, and the nucleotide and amino acid sequences identities with the CV-A8 prototype strain were 78.3%-98.2% and 92.6%-99.7%, respectively. Based on the phylogenetic analysis of VP1 region sequences, the CV-A8 can be divided into five genotypes:A, B, C, D and E. The 11 CV-A8 strains in this study belonged to genotypes C (1 strain), D (2 strains) and E (8 strains). The nucleotide and amino acid similarities of 11 CV-A8 full-length genomes were 81.3%-98.8% and 95.9%-99.5%, respectively. The phylogenetic tree of the P2 region showed that the eight E genotypes CV-A8 had the closest evolutionary distance with CV-A4, CV-A14, and CV-A16. The phylogenetic tree of the P3 region showed that the eight E genotypes CV-A8 had a close evolutionary distance with CV-A5, CV-A16, CV-A14 and CV-A4.Conclusions The 11 CV-A8 stains in this study showed significant intra-genotype diversity in capsid region and recombinant diversity in non-capsid region which indicated that CV-A8 quasispecies were still undergoing dynamics variation. CV-A8 may become an important pathogen of HFMD and the monitoring of CV-A8 needs to be further strengthened.
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